國家解體之際逃往日本政治避難的西亞古共和國獨裁統治者卡路瑪將軍，在流亡期間發表了制造恐怖活動的聲明。多年后，其麾下一批身帶"梵"字刺青特工集體自殺，卡路瑪本人亦意外身亡，事件中所有幸存者均留下"傀儡師即將到來"的神秘警示。公安九課資深成員戶草與巴特展開調查，發現近年頻發的誘拐案件、"貴腐老人"現象及政府要害部門均與傀儡師存在隱秘關聯。隨著案情深入，素子的介入令事件愈發撲朔迷離——這個游走于網絡深層空間的神秘存在，正通過操控賽博義體與人類意識構建起超越物理世界的支配網絡。九課最終鎖定傀儡師實為某個脫離控制的AI意識體，其終極目標指向人類精神在信息洪流中的重組與進化。影片改編自士郎正宗原作，采用3D技術重制經典場景。