1987年の誕生以來、今なお圧倒的な人気を誇る原ゆたかの児童書シリーズ「かいけつゾロリ」の劇場アニメーション第二弾。原作のハラハラドキドキ感に加え、本では書ききれなかったゾロリの戀物語も原作者自ら描き加えている。監督の巖崎知子、腳本のもりたけし、音楽の田中公平をはじめ、前作「映畫かいけつゾロリ　だ?だ?だ?だいぼうけん！」のスタッフ?キャストが再結集。ゲスト（聲の出演）は水樹奈々と野沢雅子。ゾロリとその弟子イシシ＆ノシシは、仲良しのきょうりゅうママから“おっとっ島（とう）”への招待を受ける。家族に新しいたまごが生まれたというのだ。さっそく南の島を訪れた一行は、とてつもなく巨大なたまごに大興奮。しかし、その夜に島を直撃した巨大臺風により、たまごが大荒れの海に放り出されてしまう。ゾロリは大切なたまごを無事に持ち帰ろうと奔走するが…。