這一天，手里劍戰隊忍忍者的各位收到一封不同尋常的邀請函，邀請函來自"夢之忍者大陸"，他們將有望和傳說中的忍者會面。懷著激動的心情，伊賀崎天晴（西川俊介飾）和伙伴出發了。然而他們所乘坐的居然是一列妖怪列車，原來這一切都是妖怪制造的幻覺，無畏的英雄們陷入前所未有的大危機之中。危急關頭，他們得到了一直與惡勢力作斗爭的烈車戰隊特急者的救助。從特急者口中得知，所謂"夢之忍者大陸"實際上是"黑暗忍者大陸"，邪惡的暗黑博士企圖靠這個幌子將正義戰士們一網打盡。在烈車戰隊特急者的協助下，雙方聯手對抗暗黑博士的陰謀，利用忍術與科技力量結合，最終揭露并粉碎了其企圖消滅正義戰士的詭計，恢復了兩個世界的和平。危機降臨，英雄們面臨前所未有的挑戰與成長。