宇宙世紀(jì)0071年，Side3穆佐自治共和國(guó)議長(zhǎng)吉翁·茲姆·戴昆遇刺身亡后，其子卡斯巴爾與妹妹阿爾黛西亞在父親側(cè)近金巴·拉爾護(hù)送下逃離殖民地。為躲避追捕，兄妹二人在地球改名換姓化名為愛(ài)德華·馬斯與塞拉·馬斯生活。與此同時(shí)，Side3正式更名為吉翁自治共和國(guó)，由原副議長(zhǎng)德金·索多·扎比為首的扎比家族掌握實(shí)權(quán)。為實(shí)現(xiàn)獨(dú)立建國(guó)的野心，扎比家一面持續(xù)搜捕戴昆遺孤以消除政治威脅，一面暗中啟動(dòng)新型兵器機(jī)動(dòng)戰(zhàn)士的研發(fā)計(jì)劃，并與地球聯(lián)邦軍形成軍事對(duì)峙態(tài)勢(shì)。卡斯巴爾在流亡期間目睹妹妹阿爾黛西亞因接觸新人類理論而引發(fā)的精神異變，兄妹間的羈絆與吉翁政權(quán)的陰影在此過(guò)程中持續(xù)交織。