愚蠢的人類被貪婪所驅使，按下了那枚摧毀文明的按鈕。浩劫過后，人類世界退回到暴力血腥的原始階段，而在這混亂的世道中，拉奧所統領的拳王軍所向披靡。當初，拉奧作為大師兄，曾和健四郎一同學習北斗神拳。這個有著1800年歷史的暗殺拳法，始終奉行著唯一繼承人的準則。拉奧雖然實力雄厚，卻始終缺乏健四郎的悲憫之心，因繼承權之爭與理念分歧徹底決裂。當后者成為北斗神拳的繼承人化身為救世主時，拉奧轉而走上更為黑暗的道路，以暴力征服建立獨裁統治。當拳王軍的鐵蹄已經統治這個國家之時，南斗自由軍揭竿而起，并邀請健四郎一同對抗他的宿敵——拳王拉奧。雙方圍繞北斗神拳終極奧義與人類存續展開宿命對決，最終在貫穿天際的氣功波中分出勝負。本片根據原哲夫、武論尊的經典漫畫原著《北斗神拳（北斗の拳）》，是《真救世主傳說北斗神拳》的第三部。