在電影開篇的森林中，天真少年Yukinari聽到呼救聲后遇見守護者少女Mika。兩人發現伐木工人正威脅森林，而與Mika交好的時拉比（Celebi）突然出現將他們帶往40年后。此時穿越時空的Yukinari與小智、小霞、小剛相遇，揭示其與小智存在血緣關聯。反派火箭隊成員武藏（Bisashu）為捕捉時拉比制造黑色懸崖危機，雙方展開對時拉比的爭奪戰。神秘寶可夢水君（Suicune）在關鍵時刻現身，展現震懾力量后引導向森林核心。最終眾人合力阻止武藏的陰謀，在時拉比使用時空之力返回過去后，Mika通過守護森林的答案解除了伐木危機。小智與同伴幫助Yukinari完成跨越時空的成長使命，時拉比則在修復的時間線中繼續守護兩個時代的和平。