地球聯邦軍在賈布羅保衛戰后展開敖德薩攻勢期間，白色基地為執行作戰補給任務駛向貝爾法斯特時，接收到清除"不歸之島"殘敵的臨時指令。阿姆羅·雷與戰友登島后，意外發現本應不存在的平民兒童群體及一臺神秘扎古機體。在與偽裝成平民領袖庫庫魯斯·多安的吉翁殘黨遭遇戰中，阿姆羅因駕駛高達墜毀被迫棄機。通過接觸島上被多安庇護的戰爭孤兒，阿姆羅逐步揭開這位前吉翁軍官為贖清戰罪而隱居育孤的真相。面對聯邦軍即將實施的無差別轟炸，阿姆羅協助多安完成機體修復，在最終交戰中成功奪回高達并帶著孩子們撤離。島嶼在爆炸中沉沒前，多安選擇與象征過往罪孽的扎古一同消失于火海。