樂高的超級英雄美少女們，神奇女俠、蝙蝠女、女超人、貓女等再次齊聚，這一次她們需要潛入由萊克斯·盧瑟與貝恩共同策劃的超級罪犯中學，揭露其利用學生制造混亂、顛覆高譚市的秘密計劃。為阻止陰謀，四位英雄偽裝成新生混入校園，在面對小丑女、毒藤女等反派教官的嚴苛訓練時，巧妙運用各自能力化解危機。隨著調查深入，她們發現學校地下實驗室正研發能控制超級英雄的裝置，并最終通過團隊協作摧毀設施，將犯罪分子繩之以法。