本作為原創動畫，設定于游戲原作的遙遠未來。故事圍繞グランシード學院新生ネモ與學生會會長ファリア展開，少年ネモ在邊境討伐任務中意外與神秘「英雄」締結契約，由此獲得超越常人的力量。兩人因任務相遇后，逐漸卷入學院隱藏的古老秘密，并發現多個勢力圍繞「英雄」之力展開爭奪。隨著劇情推進，ネモ與ファリア在對抗威脅學院存續的危機中建立羈絆，逐步揭開契約真相及世界存亡的關鍵。動畫通過新世代視角呈現原作未述的全新篇章，融合機甲戰斗與成長主題，在保留系列世界觀基礎上構建獨立故事線。