小林芳狼是少年偵探團初代團長小林少年的曾孫。在芳狼面前，10年前行蹤不明的怪人二十面相出現了。二十面相只留下一句“約定的時間近了”就離開了，二十面相所說的約定到底是什么意思？四處奔走的芳狼、明智小五郎的曾孫小夜和他的青梅竹馬等個性豐富的成員們聚集，所有謎團互相纏繞，找到答案“少年偵探團”才能夠復活。