漂浮在半空的“知識之箱”儲存著無數世界的記憶與時間，杜婭爾（種田梨沙配音）與多蘿茜（佐倉綾音配音）作為維護者穿梭其間，清除侵蝕各世界的病毒。當她們察覺新病毒出現時趕往現場，發現感染者竟是失去記憶的少女莉莫（花守由美里配音）。這個自稱只知曉性命的存在，口中念出的神秘話語與所有世界的存續產生關聯。隨著調查深入，莉莫作為被遺棄實驗體的身份逐漸顯現，其體內隱藏的“起始之鐘”成為修復崩壞世界的關鍵。在對抗病毒的過程中，杜婭爾與多蘿茜必須直面知識之箱的創造者所遺留的核心悖論——唯有犧牲承載記憶的存在，才能重啟瀕臨崩潰的世界體系。