在人多混雜的東京都內，因為人們充滿惡意的想法而感到痛苦的小百合抱著頭蹲了下來。拯救她的是咖啡館“EXTRA”老板的一家人。一個月后，店外掛著一個“歡迎入內諮詢煩惱”的小告示，小百合開始在這間店打工，并擔任起在店內諮詢煩惱的志工。某天，因為打工店內的營業額被別人搶走，隨時隨地都有可能自殺的大學生小勇走進了咖啡館。小百合使用特殊的靈能力在瞬間找到犯人的真相，將事件解決。在那之后，小勇在幫忙小百合的同時，也開始接觸到那些肉眼看不到的世界。但是，惡魔開始向懷抱著想要對神明報恩的心情、持續幫助人們的小百合伸出魔掌。通過理解惡念根源與共情化解危機，小百合最終以守護者身份確立了“EXTRA”作為人與靈共生庇護所的使命，而咖啡館櫥窗里靜靜陳列著象征契約達成的水晶咖啡杯。