沉睡無數年頭的福薩馬格納遠古化石，因某個機緣合體復活，變成了和埃菲爾鐵塔一樣高的蝸牛怪獸。怪獸仿佛沒有意識，只有本能，它緩慢滾動，整一路穿過東京到達大海。而它所滾動過的地方，都將變成廢墟。日本的傳統妖怪們惶恐不已，于是試圖召喚天神渡辺綱的后代幫忙對付蝸牛怪獸。失去父親的五年級少年渡辺兄（寺田心飾）和母親、弟弟相守度日。某個夜晚，他通過夢境見到了黑羽怪、轆轤首、雪女等妖怪。這些善良的妖怪請求渡辺兄拯救世界。考試還不及格的小男孩，又如何能成為救世主呢？災難即將來臨，妖怪大戰爭全面開啟。渡辺兄在傳統妖怪協助下逐漸覺醒守護者血脈，最終帶領妖怪族群穿越怪獸黏液覆蓋的東京廢墟，在海岸邊以渡辺家代代相傳的除魔刀斬斷福薩馬格納外殼，使其重新碎裂為無害化石。所有妖怪在完成使命后化作光點消散，而少年守護者的傳說則被重新書寫。