這是一個(gè)種族殖民失敗、種族滅絕，試圖恢復(fù)族群的故事。 異種2的時(shí)間線在異種1之后。人類登陸火星，并帶回了火星的土壤樣本，但土壤樣本里有外星異種殘存。故事由此展開。 在精神病院的Herman Cromwell博士，推測(cè)了異種的來(lái)歷：Cromwell博士曾經(jīng)在斯坦福大學(xué)研究1996年在南極發(fā)現(xiàn)的火星隕石。隕石的化石樣本顯示，火星曾經(jīng)有生物存在。但化石本身并非火星原有。化石的碳基物質(zhì)，只存在于麥哲倫星云中，離火星一億光年遠(yuǎn)。Cromwell博士推測(cè)，十億年前，火星土著被外星異種入侵，外星異種摧毀了火星所有的生命形態(tài)。Cromwell博士擔(dān)心外星人會(huì)帶來(lái)未知的危險(xiǎn)，因而強(qiáng)烈反對(duì)火星探索計(jì)劃，因此被關(guān)進(jìn)了精神病院。 男性航天員Patrick Ross回到地球后，無(wú)法抵抗異種的繁殖本能，和多名女性交歡后帶回多個(gè)25%血統(tǒng)（此處是關(guān)鍵設(shè)定）的異種后代。（異種繁殖和孕育周期極短，成年僅需數(shù)天。詳情見異種1。）由于異種生長(zhǎng)太快，受孕人類母體無(wú)法承受，異種出生時(shí)人類母體必然死亡。（這個(gè)設(shè)定和異形很類似。）Patrick和妻子交歡后，妻子死亡。由于此時(shí)Patrick仍有人性，見多名女性和愛妻因繁殖死亡，決意自殺。但飲彈自殺并未成功。異種基因強(qiáng)大的修復(fù)能力使已經(jīng)爆頭的Patrick完整修復(fù)并徹底喪失人性。同時(shí)，為了尋找Patrick，Laura Baker博士解除了EVE（二代女性異種）身上生物節(jié)律限制，喚醒了EVE的異種基因，從而使得EVE可以感應(yīng)到自己的同類，也就是Patrick。Patrick同時(shí)也感應(yīng)到了同類EVE的存在，這使得他放棄了一名準(zhǔn)備繁育的人類女性。（此處為關(guān)鍵設(shè)定。）由于感應(yīng)到了同類，被本能呼喚的EVE決定逃出實(shí)驗(yàn)室。人類士兵持槍多次命中EVE，也未能阻止EVE出逃。 女性航天員Anne Sampas回家后，和丈夫嘿嘿后馬上開始繁育。異種1的倆主角異種獵人Press和Laura Baker博士趕到，但沒能阻止航天員Anne Sampas一家的死亡。 黑人航天員Dennis Gamble比較幸運(yùn)，沒有發(fā)生意外，走到了故事最后，并成為了關(guān)鍵角色。 Laura Baker博士發(fā)現(xiàn)，異種尋找異性繁育對(duì)象時(shí)，可以發(fā)現(xiàn)對(duì)方的生理缺陷。Sil（一代女性異種）在尋找男性繁育對(duì)象時(shí)，就殺了一個(gè)試圖和她交配的有缺陷男性。（看過(guò)異種1的童鞋應(yīng)該有印象，此處為關(guān)鍵設(shè)定。）由于Dennis Gamble是鐮狀細(xì)胞的攜帶者，異種基因并未入侵他。于是，Laura Baker博士針對(duì)異種對(duì)于有缺陷的基因抵抗力很差這一特性，用黑人航天員Dennis Gamble的血液制作了專門對(duì)付異種的噴霧。（電影前面已經(jīng)提到，異種生物再生能力極強(qiáng)，同時(shí)化學(xué)武器接觸一次后即可抵抗。） 一番尋找，Laura Baker博士用噴霧干掉了蛹形態(tài)的Patrick后代。（蛹形態(tài)是異種幼年到成年的過(guò)渡形態(tài)，見異種1。）異種獵人Press終于用沾了黑人航天員Dennis Gamble血液的鏟草叉子干掉了Patrick。 異種和其他生命一樣，繁殖是第一本能。但繁殖有兩個(gè)優(yōu)先級(jí)：

異種應(yīng)該是一個(gè)面向整個(gè)宇宙大量隨機(jī)投放生命種子的種族，通過(guò)基因入侵來(lái)繁育和當(dāng)?shù)赝林蓄愃仆庥^的非純血下一代。異種入侵土著時(shí)，可以保留土著的知識(shí)和基本形態(tài)。異種的繁殖似乎依賴于當(dāng)?shù)赝林旧淼姆敝撤绞剑瑫r(shí)異種對(duì)土著的缺陷基因缺乏必要的抵抗能力。