2285年，在與可汗的戰斗中受損的聯邦星艦進取號返回地球維修。柯克因斯波克之死陷入悲痛，麥科伊卻出現異常行為并被送醫檢查。星際艦隊將進取號調往精進號，同時禁止進入新生的創世星。斯波克之父沙瑞克告知柯克，必須將遺體帶回瓦肯星安葬，而與斯波克完成心靈融合的麥科伊也必須同行。面對艦隊拒絕放行，痊愈后的麥科伊策劃營救行動，與柯克、斯科特、蘇魯等人強行征用進取號，并破壞精進號引擎后啟程。同期，克林貢人得知創世計劃意圖奪取該星作為武器，克魯格船長率艦隊攔截。在創世星軌道，戴維·馬庫斯博士與莎維可發現幼年斯波克遺體失蹤，地面探測顯示存在快速成長的生命信號。克林貢人摧毀葛瑞森號并俘虜戴維、莎維可及少年斯波克。進取號遭敵艦重創后，柯克啟動自毀程序與敵同歸于盡。幸存者傳送至創世星擊潰殘余克林貢部隊，營救人質時戴維不幸身亡。借助創世星能量，斯波克遺體完成重生并迅速成長至原有年齡。撤離時不穩定的星球開始坍縮，眾人奪取猛禽艦逃往瓦肯星，在沙瑞克見證下通過浮圖邦術將斯波克靈魂從麥科伊意識中分離歸位。蘇醒的斯波克在記憶回溯中詢問眾人冒險相救的緣由，柯克答以"犧牲小我，成全大我"的信念。