1991年6月29日上映的劇場(chǎng)版動(dòng)畫(huà)《藍(lán)寶石之謎》承接電視系列結(jié)局三年后的故事，僅保留娜迪亞、讓等五名主要角色繼續(xù)登場(chǎng)。影片開(kāi)場(chǎng)通過(guò)30分鐘電視版作畫(huà)回顧銜接劇情，其余時(shí)間聚焦主角們?cè)诘刂泻Ｕ归_(kāi)的新冒險(xiǎn)。制作方面原定由GAINAX負(fù)責(zé)，但因監(jiān)督庵野秀明創(chuàng)作耗盡及預(yù)算超支問(wèn)題，最終由Group Tac接手完成。故事中娜迪亞為解開(kāi)自身身世之謎，在與讓的旅行途中遭遇企圖利用藍(lán)寶石能量發(fā)動(dòng)戰(zhàn)爭(zhēng)的敵對(duì)勢(shì)力。雙方圍繞古代文明遺產(chǎn)展開(kāi)爭(zhēng)奪，最終在鸚鵡螺號(hào)殘存成員協(xié)助下阻止了足以毀滅世界的超級(jí)武器啟動(dòng)。影片通過(guò)娜迪亞對(duì)藍(lán)寶石力量的掌控，揭示了其與亞特蘭蒂斯文明滅亡間的深層關(guān)聯(lián)。