鳴海孝之（谷山紀章配音）、平慎二（青木城配音）和速瀨水月（石橋朋子配音）是學生時代的好友，畢業在即，三人亦即將奔向不同的未來。某日，鳴海孝之結識了名叫涼宮遙（栗
職于新宿區政府的宮古新，本應成為一個普通的公務員，卻被調遣到了一個東京23區各區都無人知曉的“夜間地區交流科”工作。工作的內容是，解決各種妖怪們引起的超自然事件
